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樟樹市境古屬揚州,自西周至春秋戰國先后屬吳、越、楚。秦始皇二十六年(公元前221),始建新淦縣,治于淦陽(今樟樹市城區)。西漢分屬新淦、建成、宜春3縣。東漢中平二年(185),析宜春縣置漢平縣(治所在今樟樹市中洲鄉門樓里之古吳平圩),市境分屬新淦、建城、漢平。三國改漢平縣為吳平縣。唐武德五年(622),以樟樹西南境太平圩(今昌傅鎮境內)為縣治,置始平縣。武德七年(624),廢始平縣入新渝縣,市境分屬高安、新渝、新淦縣。五代南唐昇元二年(938),劃出新淦縣以北地區,另撥新淦縣的崇學鄉和高安縣的建安鄉、修德鄉在蕭灘鎮(宋改稱臨江鎮)建清江縣(袁贛二水匯流蕭灘,江水清澈,以水名縣)。北宋淳化三年(992),割清江縣、新淦縣、新喻縣置臨江軍,軍治所設臨江鎮,清江為倚郭望縣。北宋治平三年(1066),割新淦茂才鄉、新喻思賢鄉隸清江縣,縣境由3鄉增至5鄉。1949年6月19日,在樟樹鎮建立清江縣人民政府(是年7月15日遷臨江鎮,1950年3月27日又遷回樟樹鎮)。1988年10月26日,撤銷清江縣,設立樟樹市。
樟樹歷史悠久,宗教與藥文化積淀深厚,遺存有眾多的名勝古跡。現有古遺址、古墓葬、古建筑、石雕、碑刻1000余處,國家級文物保護單位4個。樊城堆遺址是贛江中、下游具有代表性的新石器時代遺址,是江西土著文化重要的一支;筑衛城遺址是全國迄今保存最完整的遠古大型土城之一,是江南印紋陶遺址“核心”地區的著名遺址;“江南商代方國都邑”——吳城遺址,打破了“商文化不過長江”的定論,被評為“20世紀中國百項考古重大發現之一”。道教三大傳箓圣地之一的閣皂山,唐代御封為“天下第三十三福地”,宋《寰宇記》載為“天下名山、道教福地、神仙之館”,境內“六朝松”、“迎客松”、“照門松”“皆唐宋時物”,并載入《中國古松志》。閣皂山東峰之崇真宮,歷史悠久,聞名遐邇。自漢以來,張道陵、葛玄、丁令威等道長,都在此設有壇井,并遺有葛玄洗滌草藥之“洗藥池”,另有巖、池、石、壇、橋、丹井等名勝及北宋鳴水橋、藥圃百草園、紫陽書院、石城庵、道德宮、一天門石坊等古跡。唐初創建的通慧寺,主殿棟宇迄今尚存;南唐時所立的太平觀碑,刻有南唐江文蔚所撰創修太平觀序文;始建于北宋淳化三年(992)的臨江府署大門望樓“大觀樓”,為保存最完好的府衙建筑,府署內古林蔥郁,池塘山石布置精巧,亭臺樓閣錯落有致,內有王安石出生地“維崧堂”遺址、蘇東坡書《金剛經》碑和《重建臨江府靜治堂》碑、《清江縣題名記》碑及施侯墓;建于明初的“鐘鼓樓”,內有大鐘,重3700余斤;藥材行鋪集資公建的“三皇宮”,供藥王孫思邈,祭祀遠古“三皇”及歷代神醫妙手,為樟樹藥業發展之見證。